Một số mặt hàng khi xuất khẩu hoặc nhập khẩu thì Nhà nước bắt buộc phải kiểm tra chuyên ngành (Kiểm tra an toàn chất lượng). Đó chính là những mặt hàng thuộc nhóm có nguy cơ gây mất an toàn đối với sức khoẻ, tính mạng con người, giống vật nuôi hay môi trường: Thực phẩm, phân bón, thuốc chữa bệnh, nồi hơi, xe máy chuyên dùng, bình khí nén….
Trước khi mở tờ khai hải quan, doanh nghiệp phải đăng ký với cơ quan chuyên môn có thẩm quyền để làm thủ tục kiểm tra chuyên ngành. Cơ quan hải quan chấp nhận giấy đăng ký để cho DN mở tờ khai, sau khi có kết quả chứng nhận của cơ quan chuyên môn đạt yêu cầu thì cơ quan hải quan sẽ chính thức thông quan tờ khai, lúc đó lô hàng mới đc xuất khảu hoặc đưa vào thị trường tiêu thụ.
